公司倉儲配置有常溫庫、陰涼庫、冷藏庫，總面積近10000平方米。內部劃分藥品庫、醫療器械庫、保健食品庫、開票大廳、快速配送專線、綜合辦公樓等多個獨立載體，倉庫內設施設備齊全，配置有零貨自動揀選系統及自動立體倉儲系統，2020年4月，總投資2000萬元的山西福源藥業自動化物流倉儲項目投入使用，年吞吐量約500萬件。以上項目的落成，填補了大同現代物流的空白，使大同的物流行業尤其是醫藥物流流通配送行業提升至省內先進水平。